A tenente Ripley (Sigourney Weaver) se matou para não permitir que o governo levasse um monstruoso alienígena para o nosso planeta. Mas, após 200 anos, em uma nave espacial, ela acorda e descobre que cientistas a ressuscitaram através da clonagem, conseguiram com sucesso retirar a rainha dos alienígenas de seu corpo. A intenção ter um exército de aliens que, acreditam eles, possam controlar.
Durante este processo o DNA da tenente misturado com o da rainha e ela desenvolve algumas características alienígenas. Os pesquisadores começam a criar os aliens, mas estes logo escapam, provocando terror e morte.
Como a nave está rumando para a Terra, eles precisam ser detidos o quanto antes, principalmente pelo fato da rainha ter tido uma nova ninhada, que poderá significar o fim dos humanos. Neste contexto, apenas a tenente e alguns contrabandistas, que se encontram na nave naquele momento, podem impedir esta tragédia.
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