Tudo começa em uma competição de corrida aquática na cidade Altomare, em que Ash participa com seu Totodile e Misty com seu Corsola. Com uma disputa bem acirrada, Misty acaba levando a melhor e ganha um pingente representando a Jóia da Alma, uma poderosa joia que salvou Altomare tempos atrás.
Indo ao museu para descobrir mais sobre a história da cidade, o trio conhece a lenda dos Pokémon Latios e Latias que junto com a tal jóia salvaram Altomare do grande mal e trouxeram beleza à cidade.
Após a históra, eles resolvem conhecer a cidade e, se separando do grupo, Ash e Pikachu encontram uma garota sendo perseguida por duas mulheres estranhas. Depois de um rápido combate, Ash salva a garota que na verdade é um... Pokémon! Era Latias!
Latias então leva Ash e Pikachu para um jardim secreto, onde ela vive junto com Latios e a Jóia da Alma. O problema é que as duas mulheres de antes encontram o jardim, capturam Latios e aproveitam para roubar a Jóia da Alma.
Desesperada, Latias procura por Ash para socorrê-la, ficando a cargo do treinador, Pikachu e da própria Latias salvarem Latios, Altomare e impedir que a cidade seja engolida pelo mar.